沖縄県の玉城知事は、記者団に対し「不承認とした処分は、公有水面の埋め立てに関して、権限と責任を有する知事として、公平・公正の観点から厳格な審査を行った結果で、適正に判断をした」と述べ、不承認の処分の手続きに問題はないことを強調しました。
その上で「審査請求を受けた国土交通大臣は、内閣の一員として辺野古移設を推進する立場にあり、審査庁として公平・公正の判断を行うことは事実上、不可能だ。また、知事の処分を取り消すことができる仕組みは国と地方を『対等・協力』の関係とする地方自治の保障の観点から、極めて重大な問題だ」と述べ、国の対抗措置に強い憤りを示しました。
また、今後の対応について「審査請求書が届いた後に内容を確認し、関係法令等に基づき、適切に対応してまいりたい」と述べ、内容を精査した上で、弁明書を提出する考えを明らかにしました。