以前、高校で生徒の内申書に「コロナウイルス感染症の疑い」と記載する出来事が話題となったが、同様の問題がオンライン授業関連でも起きているらしい。文部科学省は2月19日に出されたガイドラインで、オンライン授業で出席した児童生徒を「出席停止・忌引等の日数」として扱い、原則として「出席」と認めない方針を取っているそうだ。ただ自治体ごとに扱いの判断は異なっていることから、保護者などから「出席」ではない扱いをされて内申書に悪影響が出ないかなどの不安の声が出ているようだ（東京新聞、埼玉新聞）。
この2月の新型コロナウイルス感染症に対応した持続的な学校運営のためのガイドライン[PDF]では、
学年の一部を休業とした日数は授業日数に含まれ，授業のある児童生徒については出欠を記録するとともに，授業のない児童生徒については「出席停止・忌引等の日数」として記録する
としており文部科学省の立場で言えば、欠席扱いにしないという配慮を行ったものだとみられる。しかし、東京新聞の記事によれば文科省側は「児童・生徒の発達段階を考えると、対面授業が望ましいから」という方針もあり、オンラインと対面授業の出席日数を識別するため、出席停止や忌引の制度を利用しているようにもみえる。
9月に入ってこうした報道が相次いだことから文科省は10日、新たな周知を行った。過去の通知に説明を加えたもので、出席停止・忌引等の日数として扱うこと自体は変更されていない（新型コロナウイルス感染症等により登校できない児童生徒等の出席等の取扱いについて（周知）[PDF]、教育活動の実施等に関するQ&A［令和3年9月10日更新］）。
非常に分かりにくいリリースであるため、Yahoo!ニュース個人の末冨芳氏の記事を参考にさせていただくが、それによれば受験を受ける側の高校などに対し、臨時休校やコロナ関連欠席（出席停止）は、受験生の不利益にならないように受験対象となる高校側に配慮するよう求めるものだという。しかし末冨芳氏の記事では公立学校・国立大学付属校はこうした方針に従うが、私立高校はそうならないだろうとの問題を指摘している（Yahoo!ニュース個人）。
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