Στις αρχές του 1920, ο Al Capone ήταν από τους λίγους ανθρώπους που μπορούσε να υπερηφανευτεί πως μπορούσε να πυροβολήσει κάποιον σε ένα μπαρ και να γνωρίζει πως θα πάει σπίτι του να κοιμηθεί σαν μωρό. Χωρίς καμία κατηγορία, χωρίς καμία εξακρίβωση στοιχείων και, φυσικά, χωρίς καν να εμφανιστεί η αστυνομία στο κατώφλι της πολυτελέστατης βίλας του. Τέτοια ήταν η δύναμη του Al Capone που κρατούσε στο χέρι μία ολόκληρη πόλη.
Την στιγμή που η εισαγγελία υπό την βοήθεια του Eliot Ness ετοίμαζε έναν ογκώδη φάκελο δικογραφίας με κατηγορίες που βάρυναν τον Capone με φοροδιαφυγή, ακόμη και οι ίδιοι δεν πίστευαν πως θα κατάφερναν να τον κρατήσουν στην φυλακή. Ο Ness άλλωστε είχε αναφέρει σε συνέντευξη αρκετά χρόνια αργότερα, πως ήλπιζαν περισσότερο να διαβρώσουν την εικόνα του, παρά να τον κρατήσουν πίσω από τα σίδερα για μία ολόκληρη ζωή. Όμως την εποχή εκείνη που η δικογραφία ακόμη σχηματιζόταν, ο Capone έβγαζε λεφτά από χίλιες δύο παράνομες δραστηριότητες. Στα μέσα του 1920, ο γκάνγκστερ έπαιρνε «σπίτι» σε μετρητά περίπου 60 εκατομμύρια δολάρια το χρόνο, που στην σημερινή ισοτιμία του δολαρίου είναι περίπου 900 εκατομμύρια δολάρια. Λίγο πριν τη σύλληψή του, οι αρχές υπολόγιζαν πως η συνολική του περιουσία σε επιχειρήσεις και μετρητά, άγγιζε το 15 δισεκατομμύριο δολάρια.
Παρότι ακόμη και το FBI φοβόταν να βάλει χέρι στο μεγάλο αφεντικό του Σικάγο, το υπουργείο Οικονομικών και η εισαγγελία κατάφεραν να βρουν ένα παραθυράκι του νόμου που ανέφερε ότι η φορολογία στα ποτά, ισχύει ακόμη και στην περίπτωση που το αλκοόλ διακινείται παράνομα – μην ξεχνάτε άλλωστε ότι βρισκόμασταν ακόμη στην Ποτοαπαγόρευση. Τα πράγματα κορυφώθηκαν με την Σφαγή του Αγίου Βαλεντίνου και με τον Bugs Moran που ήλεγχε την βόρεια πλευρά του Σικάγο, να κάνει την δήλωση που έμεινε στην ιστορία. «Μόνο ο Capone σκοτώνει με τέτοιον τρόπο». Ήταν τόσο διάσημη η ατάκα που έφτασε μέχρι τις οθόνες του σινεμά. Παρότι δεν βρέθηκαν μάρτυρες και δεν έφτασε ούτε ένα άτομο μέχρι το γραφείο του εισαγγελέα, οι Ομοσπονδιακοί ονόμασαν τον Al Capone Νούμερο Ένα Δημόσιο Κίνδυνο και ασχολήθηκαν αποκλειστικά για να τον φέρουν ενώπιον της δικαιοσύνης. Tην ίδια περίοδο, κατηγορώντας τον για παράνομο τζόγο στις Μπαχάμες, κατάφεραν να τον κλείσουν για λίγο στη φυλακή στη Φιλαδέλφεια και να χτίσουν παραπάνω την υπόθεση.
Τελικά, ο Capone παραπέμφθηκε για 22 υποθέσεις φοροδιαφυγής μαζί με τον αδερφό του Ralph και τα πρωτοπαλίκαρά του, Frank Nitti και Jake Guzic. Στην προκειμένη περίπτωση, ο εισαγγελέας ήταν «μιλημένος» από την κυβέρνηση να μην δεχτεί την συμφωνία του Capone για μόνο 2 χρόνια στη φυλακή. Έτσι η δίκη έφτασε μέχρι το δικαστήριο, όπου ο Capone καταδικάστηκε σε 11 χρόνια κάθειρξη, πρόστιμο 50.000 δολαρίων, ενώ διατάχθηκε να πληρώσει όλους τους φόρους για την παράνομη διακίνηση αλκοόλ – περίπου 4 εκατομμύρια σε σημερινή ισοτιμία δολαρίου. Στην αρχή βρέθηκε στις φυλακές της Ατλάντα, αλλά μόλις οι Ομοσπονδιακοί ανακάλυψαν πως οι φύλακες του προσέφεραν παροχές στο κελί έναντι χρηματισμού, αποφάσισαν να τον κλείσουν στο Αλκατράζ.
Ο διευθυντής James Aloysius Johnston, ήταν ένας φανατικός Προτεστάντης που έβαλε στο μάτι τον Capone από την πρώτη στιγμή και δεν έδειχνε να φοβάται μπροστά στον γκάνγκστερ. Ακόμη και όταν ο Capone τον ρώτησε αν γνωρίζει με ποιον μιλάει, ο διευθυντής του απάντησε «Εδώ θα είσαι ο κατάδικος AZ – 85». Ουσιαστικά, ήταν η φυλακή που γονάτισε το μεγάλο αφεντικό του Σικάγο. Η σύφιλη που είχε κολλήσει χειροτέρεψε, έπαθε βρογχοπνευμονία και η άνοια είχε ξεκινήσει ήδη να του χτυπάει την πόρτα. Στο νοσηλευτικό ίδρυμα της Φλόριδα όπου βρέθηκε το 1939, έκτισε το υπόλοιπο της ποινής του. Έφτασε σε σημείο που οι γιατροί ανέφεραν πως είχε την αντίληψη 12χρονου. Μετά από μία ακόμη ιατρική αξιολόγηση, o Capone επέστρεψε σπίτι όπου ξεκίνησε να χάνει ολοένα και περισσότερο τον εαυτό του.
Όταν τελικά πέθανε, το άλλοτε τρανό αφεντικό του Σικάγο, είχε κατουρηθεί πάνω του και ήταν μόλις 48 ετών.